คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล ได้รับอนุมัติจากคณะรัฐมนตรี ดำเนินโครงการ พัฒนารามาธิบดีสู่คณะแพทยศาสตร์ชั้นนำในเอเชีย หรือโครงการรามาธิบดี-บางพลี เมื่อวันอังคารที่ ๒๙ มิถุนายน ๒๕๕๓ ซึ่งเป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ในวโรกาสมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ๘๔ ปี และได้ทำพิธีวางศิลาฤกษ์สถาบันการแพทย์แห่งใหม่ โดยทางคณะฯได้รับพระมหากรุณาธิคุณ จากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงวางศิลาฤกษ์ ในวันพุธ ที่ ๑๙ กันยายน ๒๕๕๕ เวลา ๑๕.๐๐ น. และในวันศุกร์ที่ ๘ มีนาคม ๒๕๕๖พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ ทรงโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม พระราชทานชื่อสถาบันการแพทย์แห่งใหม่นี้ว่า “สถาบันการแพทย์จักรีนฤบดินทร์” (เป็นพระนามที่ต่อจากรามาธิบดี โดยมีพระนามเต็มดังนี้ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชมหิตลาธิเบศรรามาธิบดีจักรีนฤบดินทร์ สยามินทราธิราชบรมนาถบพิตร) และชื่อภาษาอังกฤษว่า “CHAKRI NARUEBODINDRA MEDICAL INSTITUTE” อีกทั้งทรงพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้อัญเชิญ อักษรพระปรมาภิไธย ภ.ป.ร. ภายใต้พระมหาพิชัยมงกุฎภายในมีอุณาโลม ประดิษฐานที่อาคารสถาบันการแพทย์แห่งใหม่ นับเป็นพระมหากรุณาธิคุณยิ่งต่อคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี
