สถาบันการแพทย์จักรีนฤบดินทร์ ตั้งอยู่เลขที่ 111 หมู่ 14 ถนนเลียบคลองส่งน้ำสุวรรณภูมิ ตำบลบางปลา อำเภอบางพลี จังหวัดสมุทรปราการ 10540 พิกัด 13.5264499,100.7586543 โทรศัพท์ 02-539-6000 สร้างขึ้นเพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เนื่องในโอกาสทรงเจริญพระชนมพรรษา 7 รอบ 84 พรรษา 5 ธันวาคม พ.ศ. 2554 เพื่อเพิ่มวิทยาลัยการแพทย์ในจังหวัดสมุทรปราการและข้างเคียง รวมทั้งเป็นการขยายโอกาสการเข้าถึงการรักษาทางการแพทย์ของประชาชนในพื้นที่อีกด้วย
คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล ได้รับพระบรมราชานุญาตอนุญาตจาก พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศรมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราชบรมนาถบพิตร ให้ใช้ที่ดินราชพัสดุโดยศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์รัชตะ รัชตะนาวิน คณบดีคณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี เป็นผู้แทนในการรับมอบหนังสืออนุญาตให้ใช้ที่ดินราชพัสดุทั้งหมด 5 แปลง ตำบลบางปลา อำเภอบางพลี จังหวัดสมุทรปราการ จำนวนเนื้อที่รวม 291 ไร่ 3 งาน 81 ตารางวา จากนายสุรชัย ขันอาสา ผู้ว่าราชการจังหวัดสมุทรปราการ ณ ห้องประชุม ศาลากลางจังหวัดสมุทรปราการ เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2553 และคุณหญิงกานดา เตชะไพบูลย์และครอบครัวทูลเกล้าถวายโฉนดที่ดินบริเวณทิศตะวันตกเฉียงเหนือของสถาบันฯ จำนวนเนื้อที่ 27 ไร่ 2 งาน แด่สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีอีกเพื่อมอบให้สถาบันฯ ดังนั้นสถาบันฯ จึงมีพื้นที่รวมเป็น 319 ไร่ 1 งาน 81 ตารางวา สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีเสด็จทรงวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2555 ใน พ.ศ. 2556 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ พระราชทานชื่อ สถาบันการแพทย์แห่งใหม่ของคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดลว่า สถาบันการแพทย์จักรีนฤบดินทร์ (Chakri Naruebodindra Medical Institute) นอกจากนี้ยังทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้เชิญตราสัญลักษณ์ งานเฉลิมพระเกียรติเนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 7 รอบ มาประดิษฐานที่อาคารของสถาบัน ฯ
ในสถาบัน ฯ มีอาคารโรงพยาบาลซึ่งได้รับพระราชทานชื่อว่า โรงพยาบาลรามาธิบดีจักรีนฤบดินทร์ จากพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2557 โรงพยาบาลมีขนาด 400 เตียง เป็นโรงพยาบาลที่มีศักยภาพไม่ต่ำกว่าโรงพยาบาลศูนย์ โดยมีการวางระบบให้เหมาะสมกับการสอนนักศึกษาระดับปริญญาของคณะ ฯ ทั้ง 3 หลักสูตรได้แก่ หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต พยาบาลศาสตรบัณฑิต และวิทยาศาสตรบัณฑิตของความผิดปกติของการสื่อความหมาย (นักฝึกการพูด นักฝึกการได้ยิน) มีเครือข่ายการดำเนินงานเชื่อมโยงกับ โรงพยาบาลส่งเสริมสุขภาพประจำตำบล (รพ.สต.) โรงพยาบาลชุมชน โรงพยาบาลทั่วไป โรงพยาบาลศูนย์ ในจังหวัดสมุทรปราการและอีก 8 จังหวัดทางฝั่งชายทะเลตะวันออก โดยหากผู้ป่วยต้องการการรักษาในระดับตติยภูมิโรคซับซ้อนก็สามารถส่งต่อมารับการรักษาพยาบาลที่โรงพยาบาลรามาธิบดี พญาไท ซึ่งจะมีระบบการส่งตัวไป กลับ ที่พัฒนาขึ้นอย่างมีประสิทธิภาพ โรงพยาบาลรามาธิบดีจักรีนฤบดินทร์เปิดบริการครั้งแรกเมื่อ วันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2560 และสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารีเสด็จทรงเปิดสถาบัน ฯ เมื่อ วันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2560
นอกจากนี้สถาบันการแพทย์จักรีนฤบดินทร์ ยังเชื่อมโยงกับชุมชนในภาคอุตสาหกรรม เนื่องจากจังหวัดสมุทรปราการมีโรงงานอุตสาหกรรม ถึง 8,000 แห่ง โครงการรามาธิบดี บางพลี จึงมีโอกาสช่วยพัฒนางานด้านอาชีวอนามัย อาชีวเวชศาสตร์ สิ่งแวดล้อมและความปลอดภัย ดูแลสุขภาพของประชาชนที่อยู่ในภาคอุตสาหกรรม
อาคารต่างๆ ใน สถาบัน ฯ มีดังนี้
1. โรงพยาบาลรามาธิบดีจักรีนฤบดินทร์
2. ศาลาประชาคมหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์
3. อาคารเรียน 1 ศูนย์การเรียนรู้และวิจัยเฉลิมพระเกียรติพระนางเจ้าสิริกิตติ์ สมเด็จพระนางเจ้าบรมราชินีนาถ
4. อาคารเรียน 2 อาคารวิจัย รวมเรียกว่า อาคารปรีลินิกและศูนย์วิจัย
5. อาคารกายวิภาคศาสตร์ทางคลินิก
6. หอพักนักศึกษาและบุคลากร จำนวน 4 อาคาร
7. อาคารนันทนาการ
8. ศูนย์อาหาร
9. อาคารจอดรถ
10. อาคารสาธารณูปโภคโรงพยาบาล
11. สถานีไฟฟ้าย่อย
12. อาคารบำบัดน้ำเสีย
13. อาคารจัดการขยะ
14. อาคารโรงซักรีด
15. อาคารซ่อมบำรุง
16. อาคารวิศวกรรม
17. หอพักเจ้าหน้าที่