คณะผู้ก่อตั้ง โดยมี ศ. นพ.อารี วัลยะเสวี เป็นแกนนำสำคัญ ได้วางนโยบายก่อตั้งคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดีให้เป็นโรงพยาบาล มหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์ จึงวางโครงสร้างให้มีพื้นที่ซึ่งคณาจารย์ของคณะฯ จะสามารถทำหน้าที่หลักสามประการ คือ การเรียนการสอน การบริการ และการวิจัยไปได้พร้อมๆ กันอย่างมีประสิทธิภาพ โดยให้มีพื้นที่กำหนดไว้สำหรับการปฏิบัติงานวิจัยร่วมกันของอาจารย์และนัก วิชาการภาควิชาต่างๆ เพื่อใช้ทรัพยากรร่วมกันในการทำการวิจัยที่มีประสิทธิภาพสูงได้อย่างประหยัด ที่สุด
พื้นที่สำหรับห้องปฏิบัติการทดลองร่วมภาควิชา อยู่ในอาคารด้านตะวันตก ชั้น 6, 7 และ 8 และสำรองพื้นที่ชั้น 9 ไว้สำหรับขยายห้องปฏิบัติการร่วมในเวลาต่อๆ ไป นอกจากนี้ก็กำหนดพื้นที่ชั้น 8 ด้านใต้ สำหรับเป็นหอวิจัยทางคลินิกด้วย หน่วยงานร่วมภาควิชาที่จัดตั้งขึ้นนี้สังกัดอยู่ในสำนักงานคณบดีเรียกชื่อ ว่า “หน่วยปฏิบัติการวิจัยร่วมภาควิชา” มีหน้าที่สนับสนุนและจัดการเพื่อช่วยเหลือบริการให้คณาจารย์จากภาควิชาต่างๆ สามารถทำงานวิจัยได้โดยสะดวก โดยจัดสถานที่ เครื่องมือ เครื่องใช้และอุปกรณ์ ผู้ช่วยงานวิจัย (คือ นักวิทยาศาสตร์ และบุคลากรสนับสนุนงานวิจัยอื่นๆ) ให้คณาจารย์ได้ใช้ร่วมกันอย่างเพียงพอ โดยสิ้นเปลืองงบประมาณน้อยที่สุด และเมื่ออาจารย์จากภาควิชาต่างๆ แจ้งความประสงค์ที่จะทำการวิจัยทางหน่วยก็จะจัดหาสถานที่ บุคลากร และการสนับสนุนอื่นๆ ให้ตามความจำเป็นเพื่อให้เริ่มทำงานวิจัยได้โดยไม่ล่าช้า คณบดีท่านแรก คือ ศ.นพ.อารี วัลยะเสวี
ในปี พ.ศ.2512 ห้องปฏิบัติการร่วมภาควิชาเริ่มดำเนินการโดยใช้ห้องปฏิบัติการซึ่งมีอยู่ 7 ชุด ในสาขา Nutrition–Metabolism and Fluid Electrolyte, Repro-ductive Biology, Endocrinology, Immunology Allergy, Genetics, Hematology, Tropical Medicine, Neurology, Carbohydrate–Biochemistry และ Radiobiology ใน พ.ศ.2518 คณะฯ ได้ดำเนินการยกฐานะของ “หน่วยปฏิบัติการวิจัยร่วมภาควิชา” ขึ้นเป็น “ศูนย์วิจัย” มีฐานะเทียบเท่าภาควิชา เพื่อรับผิดชอบดำเนินงานด้านการวิจัย โดยมี อาจารย์สาคร ธนมิตต์ เป็นผู้อำนวยการศูนย์วิจัย ในปี พ.ศ. 2536 มีการปรับเปลี่ยนชื่อจาก “ศูนย์วิจัย” เป็น “สำนักงานวิจัยคณะฯ” จากการปรับเปลี่ยนชื่อดังกล่าวนั้นการเรียกชื่อ “ผู้อำนวยการศูนย์วิจัย” จึงเปลี่ยนเป็น “ผู้อำนวยการสำนักงานวิจัยคณะฯ” แต่เนื่องจากทางคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี เรียกภาควิชาต่างๆ ว่า หัวหน้าภาค................ ดังนั้น “ผู้อำนวยการศูนย์วิจัย” จึงถูกเรียกเป็น “หัวหน้าสำนักงานวิจัยคณะฯ” ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา อย่างไรก็ตามการติดต่อกับต่างประเทศ หรือเอกสารที่เป็นภาษาอังกฤษ ยังคงใช้ Director of Research Center, Faculty of Medicine, Ramathibodi Hospital ตามเดิม
ปัจจุบันนอกจากสำนักงานวิจัยคณะฯ จะให้สนับสนุนการทำวิจัยของบุคลากรภายในคณะฯ ด้านห้องปฏิบัติการวิจัย บุคลากรช่วยงานวิจัย แล้ว ยังมีหน่วยระบาดวิทยาคลินิกและชีวสถิติที่จะให้คำปรึกษางานวิจัยอย่างเป็น ระบบ ให้บริการปรึกษาด้านชีวสถิติ และหน่วยจริยธรรมการวิจัยในคนให้บริการปรึกษาการเขียนขออนุมัติการทำวิจัยใน คน รวมทั้งมีหลักสูตรปริญญาเอก สาขาวิทยาการระบาดคลินิก และหลักสูตรปริญญาโท-เอก สาขาวิชาโภชนศาสตร์ ด้วย