คณะแพทยศาสตร์ได้ประเมินผลการควบคุมภายในทุกปีงบประมาณ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อสร้างความมั่นใจอย่างสมเหตุสมผลว่าการดำเนินงานจะบรรลุวัตถุประสงค์ของการควบคุมภายในด้านประสิทธิผลและประสิทธิภาพของการดำเนินงานและการใช้ทรัพยากร ซึ่งรวมถึงการดูแลรักษาทรัพย์สิน การป้องกันหรือลดความผิดพลาด ความเสียหาย การรั่วไหลหรือการทุจริต ด้านความเชื่อถือได้ของรายงานการทางเงินและการดำเนินการ และด้านการปฏิบัติตามกฏหมาย กฏระเบียบ ข้อบังคับมติคณะรัฐมนตรีและนโยบาย ซึ่งรวมถึงระเบียบปฏิบัติของฝ่ายบริหาร
ในปีที่ผ่านมาคณะฯได้มีการประเมินการควบคุมภายในเป็นประจำทุกปีและผลการประเมินมีดังต่อไปนี้
