สืบเนื่องจาก “แผนยุทธศาสตร์ชาติ การพัฒนาภูมิปัญญาไทย สุขภาพวิถีไทย พ.ศ. 2550 - 2554” ที่ได้รับความเห็นชอบจากคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน 2550 โดยหลักการเพื่อปรับเปลี่ยนการแพทย์จากแบบแผนเดียว เป็นการแพทย์พหุลักษณ์หรือการแพทย์หลายระบบ เพื่อให้เกิดการพึ่งตนเองทางด้านสุขภาพ โดยเฉพาะองค์ความรู้ เทคโนโลยี และยาจากสมุนไพรที่สอดคล้องกับวัฒนธรรม ประเพณี ความเชื่อท้องถิ่นของสังคมไทย ประกอบกับปรัชญาของมหาวิทยาลัยมหิดลที่ว่า “ความสำเร็จที่แท้จริงอยู่ที่การนำความรู้ไปประยุกต์ใช้ เพื่อประโยชน์สุขแก่มวลมนุษยชาติ”
ดังนั้น เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2558 คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดีจึงได้จัดตั้งหน่วยแพทย์ทางเลือก สังกัดโรงพยาบาลรามาธิบดีขึ้น เพื่อรองรับนโยบายระดับชาติและระดับมหาวิทยาลัยรวมถึงการวางรูปแบบตัวอย่างการแพทย์ทางเลือกสู่สถาบันการแพทย์จักรีนฤบดินทร์ ปัจจุบันหน่วยแพทย์ทางเลือกได้ย้ายมาสังกัดภายใต้งานผู้ป่วยนอก ฝ่ายการแพทย์ โรงพยาบาลรามาธิบดี ตั้งแต่วันที่ 28 ตุลาคม 2559 เป็นต้นมา