การสร้างสถาบันการแพทย์จักรีนฤบดินทร์นี้ เป็นโอกาสที่คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี จะดำเนินการก่อสร้างให้สถาปัตยกรรม และภูมิสถาปัตยกรรมตอบสนองพันธกิจของคณะฯ อย่างสมบูรณ์ โดยมุ่งจะให้เป็นสถาบันการศึกษาที่มีสิ่งแวดล้อมและภูมิสถาปัตยกรรมที่เหมาะสมต่อการเรียนรู้ ก่อให้เกิดแรงบันดาลใจ และจินตนาการอย่างเต็มที่ ภายใต้กรอบแนวคิด 4E ดังนี้
Education reform
เป็นการสร้างโอกาสที่คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี จะปฏิรูประบบการศึกษาและปฏิรูปหลักสูตรใหม่ ซึ่งจะสามารถทำได้มีประสิทธิภาพอย่างยิ่งในสถานที่ใหม่ร่วมกับกรอบแนวคิดใหม่
Excellent living and working condition
คำนึงถึงคุณภาพชีวิตของบุคลากร นักศึกษา และผู้ป่วยเป็นสำคัญ โดยมีสิ่งอำนวยความสะดวกในการทำงานพร้อมสรรพ ทั้งศูนย์การเรียนรู้ที่ทันสมัยที่สุด มีระบบสารสนเทศ เครือข่ายคอมพิวเตอร์แบบไร้สายครอบคลุมทั้งบริเวณ มีการออกแบบหอพักให้มีความน่าอยู่ โล่ง โปร่ง ไม่แออัดและใกล้ชิดกับธรรมชาติ มีอาคารนันทนาการเพื่อการพักผ่อนและออกกำลังกาย เพื่อให้ครูและศิษย์อาศัยอยู่ใกล้ชิดกันอย่างมีความสุข ก่อให้เกิดจินตนาการและความคิดสร้างสรรค์ เป็นชุมชนของปัญญาชน และเป็นแหล่งเพาะบ่มปัญญาและการเรียนรู้อย่างแท้จริง
Environmental friendly
ภูมิสถาปัตยกรรมของสถาบันการแพทย์จักรีนฤบดินทร์ เน้นความเป็นมิตรและกลมกลืนกับสิ่งแวดล้อม เช่น มีการบำบัดน้ำเสียและนำมาใช้ประโยชน์ใหม่ การจัดศูนย์ Power Plant ไว้อย่างเป็นสัดส่วนปราศจากเสียงรบกวนและควันพิษ การออกแบบทางคนเดินควบคู่กับถนน สนับสนุนให้มีการสัญจรโดยจักรยาน และไม่อนุญาตให้มีการใช้จักรยานยนต์ เป็นต้น
Energy saving
คำนึงถึงการประหยัดพลังงาน โดยมุ่งอาศัยพลังงานทางเลือกเข้ามาร่วมให้มากที่สุด